1、按安装方式分，可分为内置水冷和外置水冷两种
对于内置水冷而言，主要由散热器、水管、水泵、足够的水源组成，这就注定了大部分水冷散热系统系统大，而且要求机箱内部空间足够宽余，这样一来，用户在安装和维护很不方便，容易出现滴漏、安全性不高等问题，不过一些专业厂商推出的内置水冷散热器则很好的解决了以上问题。
对于大部分外置水冷散热器而言，不少产品安装到电脑上后，让整体外观不写协调，严重影响了电脑整体美观。对于以往水冷系统存在的安装复杂、使用不方便、安全性不高、外观不美观等不足，现在不少厂商推出了一些安装简单、安全性高、外观美观，而且散热更为理想的外置水冷散热器。
2、按散热原理分，可分为主动式水冷和被动式水冷两种
主动式水冷除了在具备水冷散热器全部配件外，另外还需要安装散热风扇来辅助散热，这样一来，尽管散热效果提升了，但噪音也无法做到安静，这一水冷方式适合发烧DIY超频玩家使用。
被动式水冷则不安装任何散热风扇，只靠水冷散热器本身来进行散热，最多是增加一些散热片来辅助散热，该水冷方式比主动式水冷效果差一些，但可以做到完全静音效果，适合大多数DIY超频用户采用。
3、按水冷结构分，可分为一体式水冷和分体式水冷
一体式水冷散热器由两大部分组成：冷排和水冷头，中间由一定长度的水管连接。这是由于一体式水冷散热器的冷头、和水泵集成在一起，并取消了水箱的设计，以整个水冷内部空间作为水箱，整个散热器更加简洁。
分体式水冷散热器则由水冷头、冷排、散热风扇、水管、水泵、水箱等多个部分组成，可以定制化，但安装时比较复杂，需要自行组装并安装在电脑上。